Spausdinti

dsc00528

Dr. Jolita Bernatavičienė

Padalinys: Vaizdų ir signalų analizės grupė
Pareigos: vyresnioji mokslo darbuotoja, žurnalo Baltic Journal of Modern Computing administratorė


Dirba: Akademijos g. 4, 627 kab., Vilnius
Telefonas: (8 5) 210 9315
Elektroninis paštas:  

 

 

 

Mokslinė ir pedagoginė kvalifikacija

Technologijos mokslų daktarė (Informatika 09P).
Disertacijos tema:  Vizualios žinių gavybos metodologija ir jos tyrimas (2008)

Moksliniai interesai

  • Duomenų tyryba: neuroniniai tinklai, vaizdų analizė, daugiamačių duomenų vizualizavimas, klasifikavimo algoritmai, grupavimo algoritmai
  • Sprendimų priėmimo sistemos medicinoje

 

Mokslinė produkcija

Pagrindinės publikacijos:

  1. Venskus, Julius; Treigys, Povilas; Bernatavičienė, Jolita; Tamulevičius, Gintautas; Medvedev, Viktor. Real-time maritime traffic anomaly detection based on sensors and history data embedding // Sensors. Basel : MDPI. ISSN 1424-8220. 2019, vol. 19, no. 17, art. no. 3782, p. 1-10. DOI: 10.3390/s19173782.
  2. Korvel, Gražina; Treigys, Povilas; Tamulevičius, Gintautas; Bernatavičienė, Jolita; Kostek, Bozena. Analysis of 2D feature spaces for deep learning-based speech recognition // Journal of the audio engineering society. New York : Audio engineering society. 2018, vol. 66, no 12, p. 1072-1081. DOI:10.17743/jaes.2018.0066.
  3. Stabingis, Giedrius; Bernatavičienė, Jolita; Dzemyda, Gintautas; Paunksnis, Alvydas; Stabingienė, Lijana; Treigys, Povilas; Vaičaitienė, Ramutė. Adaptive eye fundus vessel classification for automatic artery and vein diameter ratio evaluation // Informatica. Vilnius : Vilniaus universitetas Matematikos ir informatikos institutas. ISSN 0868-4952. eISSN 1822-8844. 2018, vol. 29, no 4, p. 757-771. DOI: 10.15388/Informatica.2018.191.
  4. Morkūnas, Mindaugas; Treigys, Povilas; Bernatavičienė, Jolita; Laurinavičius, Arvydas; Korvel, Gražina. Machine learning based classification of colorectal cancer tumour tissue in whole-slide images // Informatica. Vilnius : Vilniaus universiteto Matematikos ir informatikos institutas. ISSN 0868-4952. 2018, Vol. 29, no. 1, p. 75-90. DOI: 10.15388/Informatica.2018.158.
  5. Stabingis, Giedrius; Bernatavičienė, Jolita; Dzemyda, Gintautas; Paunksnis, Alvydas; Treigys, Povilas; Ramutė, Vaičaitienė; Stabingienė, Lijana. Automatization of eye fundus vessel width measurements // VipIMAGE 2017 : proceedings of the VI ECCOMAS thematic conference on computational vision and medical image processing, Porto, Portugal, October 18-20, 2017 / eds.: João Manuel R.S. Tavares, R.M. Natal Jorge. Cham : Springer Nature, 2018. ISBN 9783319681948. eISBN 9783319681955. p. 787-796. (Lecture notes in computational vision and biomechanics, ISSN 2212-9391, eISSN 2212-9413 ; vol. 27). DOI: 10.1007/978-3-319-68195-5_85.
  6. Venskus, Julius; Treigys, Povilas;Bernatavičienė, Jolita; Medvedev, Viktor; Voznak, Miroslav; Kurmis, Mindaugas; Bulbenkienė, Violeta.
    Integration of a Self-Organizing Map and a Virtual Pheromone for Real-Time Abnormal Movement Detection in Marine Traffic // Informatica / Matematikos ir informatikos institutas. Vilnius: Lietuvos mokslų akademijos leidykla. ISSN: 0868-4952. 2017, Vol. 28, no. 2, p. 359-374. 
  7. Medvedev, Viktor; Kurasova, Olga; Bernatavičienė, Jolita; Treigys, Povilas; Marcinkevičius, Virginijus; Dzemyda, Gintautas. A New Web-Based Solution for Modelling Data Mining Processes / /Simulation Modelling Practice and Theory: Elsevier, 2017 in press
    http://dx.doi.org/10.1016/j.simpat.2017.03.001.
  8. Jucevičius, Justinas; Treigys, Povilas; Bernatavičienė, Jolita; Briedienė, Rūta; Naruševičiūtė, Ieva; Dzemyda, Gintautas; Medvedev, Viktor. Automated 2D segmentation of prostate in T2-weighted MRI scans // International journal of computers communications & control. Oradea: Universitatea Agora. ISSN: 1841-9836, eISSN: 1841-9844. 2017, Vol. 12, No. 1, p. 53-60.
  9. Bernatavičienė, Jolita ; Dzemyda, Gintautas ; Bazilevičius, Gediminas ; Medvedev, Viktor ; Marcinkevičius, Virginijus ; Treigys, Povilas . Method for visual detection of similarities in medical streaming data // International journal of computers communications & control. Oradea: Universitatea Agora. ISSN: 1841-9836. 2015, Vol. 10, no. 1, p. 8-21.

 

 Publikacijos su VU DMSTI ir MII prieskyra

Moksliniai ir kiti projektai

Šiuo metu vykdomi moksliniai projektai:

 

  • Nuasmenintų akių dugnų vaizdų bazės kūrimas. Vilniaus regiono biomedicininių tyrimų etikos komiteto leidimas nr.:158200-18/11-1057-572. Pagrindinis tyrėjas. Vieklos terminas 2018-11 – 2030-10.
  • ES struktūrinių fondų projektas „Lietuvių šneka valdomų paslaugų plėtra – LIEPA 2“, 2017.12-2020.12. Projekto vykdytoja.
  • COST veikla CA15120 „Daugiaskalės sistemos medicinai”. J. Bernatavičienė yra Lietuvos atstovė vykdymo komitete, veiklos terminai: 2016-04-05 – 2020-04-04.
  • COST veikla CA15124 „Europos biovaizdų analitikų tinkas progresyviai gyvybės mokslų vaizdų analizei (NEUBIAS) ”. J. Bernatavičienė yra Lietuvos atstovo pavaduotoja vykdymo komitete, veiklos terminai: 2016-05-03 – 2020-05-02.

 

Vadovavimas moksliniams projektams:

  • Pavadinimas: Duomenų tyrybos metodų, skirtų kintančių duomenų rinkinių panašumui įvertinti, kūrimas. Pagal inovacinį čekį Nr. APS-580000-63, 31V-311 (UAB „Algoritmų sistemos“, Mokslo, inovacijų ir technologijų agentūra). Vykdymo laikotarpis nuo 2013-01-15 iki 2013-04-25. 

 

Įvykdyti moksliniai projektai:

  • Pavadinimas: Duomenų analizės ir pilotinio įrankio programinės įrangos sukūrimas. Pagal 2013 m. vasario 12 d. tarp VšĮ „Informatikos mokslų centras“ ir Vilniaus universiteto sutartį Nr. APS-580000-243. Vykdymo laikotarpis nuo 2013-02-12 iki 2015-03-12.
  • Vadovas: prof. habil. dr. G. Dzemyda. Nacionalinės kompleksinės programos projektas „Paslaugų interneto technologijų kūrimo ir panaudojimo našių skaičiavimų platformose teoriniai ir inžineriniai aspektai (Nr. VP1-3.1-ŠMM-08-K-01-010)“. Vykdymo laikas: 2012 lapkritis – 2015 rugpjūtis.
  • Projekto atsakingasis vykdytojas: prof. habil. dr. G. Dzemyda. Pavadinimas: Gamybos efektyvumo navigatorius (Production Effectiveness Navigator). EuroStars projektas PEN!6232. Vykdymo laikas: 2011 balandis – 2014 kovas.
  • Pavadinimas: Dirbtinių neuroninių tinklų optimizavimas ir diegimas. Pagal inovacinį čekį Nr. IČS-580000-1479, 31V-109 (UAB „Algoritmų sistemos“, Mokslo, inovacijų ir technologijų agentūra). Vykdymo laikotarpis nuo 2012-07-03 iki 2012-11-20.
  • Pavadinimas: Kritinių fiziologinių parametrų išskyrimo iš daviklių signalų ir atvaizdavimo algoritmų mokslinis tyrimas. Pagal sutartis Nr. AS10-012 su ūkio subjektu UAB „Algoritmų sistemos“. Vykdymo laikotarpis nuo 2010-07-23 iki 2010-10-20
  • Vadovas: prof. A. Paunksnis (KMU). Pavadinimas: VMSF remiamas aukštųjų technologijų plėtros programos projektas „Informacinės klinikinių sprendimų palaikymo ir gyventojų sveikatinimo priemonės e. Sveikatos sistemai, Info sveikata“. Registracijos Nr.: B-07019. Vykdymo laikas: 2007-2009.
  • Vadovas: V. Kučinskas (VU). Pavadinimas: VMSF remiamas prioritetinių Lietuvos mokslinių tyrimų ir eksperimentinės plėtros krypčių projektas „Genetinių ir genominių lūpos ir (arba) gomurio nesuaugimo pagrindų tyrimai (GENOLOG)“. Registracijos Nr.: C-07022; Vykdymo laikas: 2007 m. 04 mėn. – 2009 m. 12 mėn. (33 mėn.).

 

LMT paramos projektai:

  • Parama mokslo renginiui 11-oji tarptautinė konferencija „Duomenų analizės metodai programų sistemoms (DAMSS 2019)“. Projekto S-MOR-19-2/(178)SU-280 vadovė J. Bernatavičienė.
  • Parama mokslo renginiui 9-oji tarptautinė konferencija „Duomenų analizės metodai programų sistemoms (DAMSS 2017)“. Projekto vadovė J. Bernatavičienė.
  • Parama mokslo renginiui 8-oji tarptautinė konferencija „Duomenų analizės metodai programų sistemoms (DAMSS 2016)“. Projekto vadovė J. Bernatavičienė.
  • Parama mokslo renginiui 7-oji tarptautinė konferencija „Duomenų analizės metodai programų sistemoms (DAMSS 2015)“, MOR-12/2015/LSS-580000-1481 (2015). Projekto vadovė J. Bernatavičienė.
  • Parama mokslo renginiui 5-asis tarptautinis seminaras „Duomenų analizės metodai programų sistemoms “, MOR-043/2013. Projekto vadovė J. Bernatavičienė

 

Pranešimai mokslinėse konferencijose

  1. Detecting Maritime Traffic Anomalies with Long-Short Term Memory Recurrent Neural Network, 11th International Workshop „Data Analysis Methods for Software Systems“, November 28 - 30, 2019, Druskininkai, Lithuania.
  2. Akies dugno nuotraukų semantinis segmentavimas naudojant konvoliucinius neuroninius tinklus, XIX mokslinė kompiuterininkų konferencija (renginys “Kompiuterininkų dienos 2019”, 2019 m. spalio 3-4 d., Kaunas, Lietuva
  3. Eye Blood Vessel Segmentation Using Convolutional Neural Networks, 11th International Workshop „Data Analysis Methods for Software Systems“, November 28 - 30, 2019, Druskininkai, Lithuania.
  4. Overview of speech synthesis using LSTM neural networks // Computer data analysis and modeling: stochastics and data science : proceedings of the XII international conference, Minsk, September 18-22, 2019: Proceedings of the XII International Conference, Minsk Spet. 18-22, 2019.
  5. Automatization of eye fundus vessel width measurements // VipIMAGE 2017 : proceedings of the VI ECCOMAS thematic conference on computational vision and medical image processing, Porto, Portugal, October 18-20, 2017.
  6. Automatinė patologinių pokyčių identifikacija akies dugno vaizduose // Lietuvos akių gydytojų draugijos metinė konferencija, Radisson Blu Hotel Lietuva, Vilnius 2016.09.23.
  7. Automated classification of Arteries and Veins in the Retinal Blood Vasculature // 11th international conference “Computer data analysis and modeling: theoretical and applied stochastics”, Minsk, September 6-10, Minsk:BSU, 2016.
  8. Automated Blood Vessels Detection and Pathological Changes Identification in Eye Fundus Images // EURO2016 : 28th European Conference on Operation Research, July 3-6, 2016, Poznan University of Technology, Poznan, Poland
  9. Localization of Prostate in T2W MRI Scans // EURO2016: 28th European Conference on Operation Research, July 3-6, 2016, Poznan University of Technology, Poznan, Poland
  10. Mobilių skaitmeninių technologijų svarba ankstyvoje akių ligų diagnostikoje // Naujos technologijos ankstyvoje akių ligų diagnostikoje, Kauno technologijos universiteto „Santakos“ slėnis, 2016.05.27.
  11.  Computer-aided localisation and characterisation of prostate cancer in mpMRI // ASMDA 2015 : 16th Applied Stochastic Models and Data Analysis International Conference with 4th Demographics 2015 Workshop, 30 June - 4 July 2015.
  12.  Automated blood vessel detection and characteris-tic evaluation in eye fundus images // 7th International Workshop "Data analysis methods for software systems" – DAMSS : Druskininkai, Lithuania, December 3-5, 2015 .
  13. Visual method of streaming data similarity estimation // Data analysis methods for software systems : 6th International Workshop, Druskininkai, Lithuania, December 4-6, 2014.
  14. Comparative analysis of similarity measures for medical streaming data // Computer data analysis and modeling: theoretical and applied stochatics : proceedings of the 10th international conference, Minsk, September 10-14.
  15. Rule induction for ophthalmological data classification // The 20th international conference EURO mini conference "Continuous optimization and knowledge-based technologies" EurOPT'2008 : May 20-23, 2008.
  16. Diagnostic decisions in sports medicine by integratingof data mining methods // 11th Conference on Artificial Intelligence in Medicine (AIME 07), Doctoral Consortium, Amsterdam, Netherlands, 07–11 July 2007.
  17. Optimization of the diagnosis decisions by integration of data mining methods // Optimization Challenges in Engineering: Methods, Software and Applications, EURO Summer Institute 2006, Lutherstadt Wittenberg, Germany, August 18 – September 2, 2006.
  18. Visualization and analysis of the eye fundus parameters // Proceedings of the 6th Nordic conference on eHealth and telemedicine NCeHT2006 : 31 August - 1 September 2006.
  19. Decision support for preliminary medical diagnosis integrating the data mining methods // Simulation and optimisation in business and industry: international conference on operational research, May 17-20, 2006 Tallinn, Estonia.
  20. Correction of Distances in Visualization of Multidimensional Data // Advanced Course on Knowledge Discovery (ACAI) complemented with 1st SEKT Summer School on Semantic – Web, Slovenia, Ljubljana, June 27 – July 5, 2005.
  21. Fraktalinių dimensijų biomedicininio informatyvumo analizė = Fraktalinių dimensijų biomedicininio informatyvumo analizė // Biomedicininė inžinerija : Tarptautinės konferencijos pranešimų medžiaga=Proceedings of international conference: Kauno technologijos universitetas, 2005 m. spalio 27-28.
  22. Minimization of the mapping error using coordinate descent // WSCG'2005 : the 13-th International conference in Central Europe on computer graphics, visualization and computer vision 2005 in co-operation with Eurographics. Plzen: University of West Bohemia, 2005.
  23. Atstumų koregavimas vizualizuojant daugiamačius duomenis = Correction of distances in visualization of multidimensional data // Informacinės technologijos 2005 : konferencijos pranešimų medžiaga, [2005 m. sausio 26-27 d., Kaunas, Lietuva]. T. 1. Kaunas: Technologija, 2005.